经典专利侵权案件
1. 侵权判定的比较对象
2. 全部覆盖原则
3. 等同原则
4. 禁止反悔原则的适用
5. 多余指定原则的适用
2、求外观专利侵权案例，带图的，带分析的！
您好！我给您讲一个关于外观专利侵权的案例（选自北京市第一中级人民法院知识产权庭副庭长姜颖女士讲述的案例。）
北京李先生加州牛肉面股份有限公司（简称李先生公司），成立于1996年，主营牛肉面生意。自2008年开始，陆续向国家知识产权局提交了几项餐具产品的外观设计专利。2009年9月，李先生公司偶然发现北京志瑞祥美国加州牛肉面餐饮连锁有限公司（志瑞祥公司）也做着牛肉面生意，并且在经营场所，也使用着和李先生公司专利一样的餐具。于是李先生公司以侵犯外观设计专利权将志瑞祥公司告上了法庭。
由于案件起源就是这些餐具，那么先分析一下李先生公司为什么会获得外观专利权呢？
对于外观设计专利而言，并不要求具有多么高深的技术，或是解决多么大的技术难题，只要对工业产品做出的富有美感的新颖设计就可以。但是这种工业设计必须要不同于之前已经存在的设计，这种不同不仅仅指不相同，而是不同之处要有足够的区分度，使得我们乍一看就能将两者区别开来。
李先生的餐具，明显不同于我们日常接触的餐具，他们或是设计了独特的部位，或是独特的设计形状，不仅使它们与日常餐具区分开来，也丰富了我们的视野和生活，应该得到法律的鼓励与保护。
而对比李先生公司和志瑞祥公司的餐具，从对比中发现，无论形状，还是大小，无论款式还是颜色，无论是正面还是背面，都区别不大，几乎是完全一样。虽然局部细微有差别，但不会影响盘子的整理的视觉效果，对于消费者而言说，不会仅仅是乍一看就能区分两者的不同。
志瑞祥公司在接到诉状之后表示，自己所使用的餐具并不是自己仿造生产的，也不是刻意定制与之相似的餐具，而是在福建的某供销商处购买的，并拿出了一份《购销合同》的复印件，以证明自己是通过合法渠道购买而来。 同时进一步提出，即使两家餐具构成近似，自己也是无心之失，所谓不知者无罪，不应该赔偿经济损失和承担侵权责任。 同时进一步提出，即使两家餐具构成近似，自己也是无心之失，不应该赔偿经济损失和侵权责任。
我国专利制度对被告是否知道原告专利，采取的是推断原则，换言之，只要侵权产品进入了专利保护范围，就推定被告是知道或应该知道原告的，实际上是不是知道在所不问，这就是专利制度的特殊之处。专利申请一旦提出之后，就被要求向社会公开，广而告知，任何人都有可能或有渠道知道包括专利方案，设计图片等专利的具体情况。专利权人只有公开技术，才能换来法律上10年或者20年的专有保护。专利权限一过，大家就可以自由使用。但对专利信息的公开不是无偿奉献，所以任何人都有责任避免对他人专利造成损害，否则就会承担法律责任。所以不知者无罪不能适用于这项专利制度。
专利法第十一条规定了，“外观设计专利权被授予后，任何单位或个人未经专利权人许可，都不得实施其专利，既不得为生产经营目的制造、许诺销售、销售、进口其外观设计产品。” 换言之，外观设计专利并不禁止他人使用外观设计专利，是允许使用的。
而志瑞祥公司的情况，是用于生产经营，虽然非属制造和进口，但事实上，志瑞祥公司以加盟费的名义将餐具打包在硬件设备费用中，连同其他硬件设备提供给加盟商，视为销售餐具的行为；而在当年制作的网站背景上，展示了各种餐具衬托下的菜品，目的就是为了吸引加盟，并从中收取加盟费，所以网页展示的行为构成了许诺销售。
但即便是这样，志瑞祥公司也不并一定要赔偿李先生公司的经济损失。因为根据专利法第七十条规定，“为生产经营目的使用、许诺销售或销售不知道是未经专利权人制作并售出的专利侵权产品，能证明该产品合法来源的，不承担赔偿责任。”志瑞祥公司认为，提供的《购销合同》复印件，可以证明自己通过正规渠道购买而来，自己不需要承担经济赔偿。如果追究责任，也是追究福建的供销商的责任。
法官审理认为：该《购销合同》存在三大致命伤。
第一，缺乏原件，能被法院认可的证据必须满足真实性的要求，所以所有提供的书面证据材料必须都是原件，而复印件是容易修改和伪造的，法院自然难以凭复印件认定其真实性；
第二、时间错位，也就是签订购销合同时，公司甚至都还没有成立，那么合同上怎么能出现公司的公章呢？
第三、履行无据，合同目的在于履行，商业化活动中能够证明合同得到履行的证据就是往来发票和收据，然而志瑞祥公司同样没有提交合同得到履行的证明凭证。
法院判定：
综合考虑上述三大因素，法院没有支持志瑞祥公司对餐具具有合法来源的主张，认定志瑞祥公司的行为构成对李先生公司的外观设计专利的侵犯，判决志瑞祥公司停止侵权行为，并在综合考虑餐具的实际价值，志瑞祥公司持续销售侵权餐具的时间，由此可能给李先生公司造成的经济损失等因素以后，判决志瑞祥公司赔偿李先生公司经济损失22000元。
以上，希望对您有帮助！请采纳！
3、市面上就有很多跟我们产品外观非常相似甚至一摸一样的产品，想问下这样的侵权情况怎么维权啊？
像你这种是典型的外观专利侵权案件了，一般对待这种事件处理方式大致有几个步骤：
1、收集涉嫌侵权的竞争者的有关涉嫌侵权产品的信息。
2、初步判断涉嫌侵权的竞争者的行为是否构成侵权。检验侵权嫌疑人的行为是否符合专利侵权的成立条件，是否属于专利法规定的侵权行为的例外情况，以及侵权嫌疑人的产品是否落入了贵司相关专利权的保护范围等。
3、在认真检索和调查现有技术的基础上，重新评估贵司的相关专利，分析其稳定性。
4、在贵司相关专利稳定性强，侵权嫌疑人侵权可能性较大的情况下，开展正式的调查取证工作，以形成有关专利侵权事实存在的完整的证据链。例如：涉嫌侵权人的基本情况，涉嫌侵权人的侵害状况等。
5、在确定对涉嫌侵权的竞争者方针(是否一定要对方停止制造、销售或使用，还是可以通过订立许可合同允许对方实施)的基础上，向涉嫌侵权者发律师函，并参加可能的协商与谈判。
如果是个别侵权案例的话相对处理起来没那么复杂，就怕因为产品畅销爆款，全国各地都有侵权的情况，这个时候维权起来就比较麻烦，如果是这种情况建议你可以找专业的互联网维权平台比如安盾网这样的，他们通过大数据智能化分析能够快速掌握全国的侵权线索，然后调动全国的调查团、律师团进行系统维权，这种效率就比普通的律所维权要精准快捷很多了。具体情况可以找下他们官网了解下。
4、三大经典知识产权侵权案例分享
版权在我国也称为著作权，是知识产权的一种，知识产权侵权案例本次就为大家分享3个经典的案件，希望大家可以看到这些案例对于自己的知识产权起到足够的重视，从而通过法律的手段来保护自己的权利。知识产权侵权案例知识产权侵权案例一：苹果APP著作权侵权案《李可乐抗拆记》由甘肃人民美术出版社出版，李承鹏是该书作者。李承鹏指控苹果公司未经其许可，自行上传或与开发者通过分工合作等方式，将其享有著作权的作品上传到苹果应用商店，并通过该商店向社会公众提供下载阅读，获取经济利益，上述行为侵害了涉案作品的信息网络传播权。法院经审理后判决：苹果公司赔偿李承鹏经济损失1万元及因诉讼支出的合理费用1000元。本案是作家维权联盟因苹果公司在其经营的App store（应用程序商店）上提供涉嫌侵犯其著作权的应用程序而向苹果公司提起的系列维权诉讼之一。最终，法院认定苹果公司是App store（应用程序商店）的经营者，应用程序商店是一个以收费下载为主的网络服务平台，并且在与开发商的协议中，约定了固定比例的直接收益，因此苹果公司应对开发商的侵权行为负有较高的注意义务。苹果公司在可以明显感知涉案应用程序为未经许可提供的情况下，仍未采取合理措施，未尽到注意义务，具有主观过错，其行为构成侵权。这一则知识产权侵权案例也表现了当前互联网的飞速发展，平台的监管行为也具有重大的意义。知识产权侵权案例二：钱钟书书信著作权及隐私权侵权案2013年5月，中贸圣佳国际拍卖有限公司（下称中贸圣佳公司）发布已故著名学者钱钟书书信手稿拍卖公告。钱钟书遗孀杨季康（笔名杨绛）遂向法院提起侵害著作权及隐私权诉讼，认为李国强和中贸圣佳公司构成对其著作权及隐私权的侵犯。法院经审理作出判决：中贸圣佳公司和李国强停止侵权、赔偿杨季康经济损失及精神损害抚慰金10万元并赔礼道歉。此案不仅因涉及著作权、隐私权以及物权等多项权利的认定，颇具代表性并广受关注，而且还对拍卖公司因从事拍卖活动侵犯他人著作权的责任进行了界定和规范，特别是拍卖公司在拍卖活动中，除应依据拍卖法就拍卖标的的所有权归属、委托人的身份情况进行审查，并签订委托拍卖合同外，对于负载著作权、隐私权、肖像权等其他民事权利的拍卖标的，还应对相关著作权权利归属、隐私权和肖像权的权利保护等情况进行审查，以履行拍卖法所赋予拍卖人的法定义务。此案的审结，明晰了拍卖者的法律义务，规范了拍卖市场秩序，对维护相关权利人的著作权、隐私权等民事权利具有积极的意义。知识产权侵权案例三：《推拿》著作权侵权及不正当竞争案毕飞宇系第八届茅盾文学奖获奖小说《推拿》的作者，人民文学出版社于2008年9月出版该小说。2009年7月，毕飞宇将电视剧改编权独家提供给中融公司。2010年12月2日，中融公司将其获得的授权转让给禾谷川公司。2011年1月，禾谷川公司委托陈枰为文学作品《推拿》的电视剧改编编剧。2013年4月，陈枰与西苑出版社就陈枰版《推拿》（上、下册）签订《图书出版合同》，同年6月，该书出版。毕飞宇、人民文学出版社以陈枰版《推拿》的出版发行行为侵权为由，诉至法院。法院经审理作出判决：西苑出版社停止出版发行图书《推拿》;北京市新华书店王府井书店停止销售图书《推拿》;陈枰、西苑出版社连带赔偿毕飞宇经济损失14万元;陈枰、西苑出版社连带赔偿人民文学出版社有限公司经济损失8万元及因诉讼支出的合理费用5000元。反不正当竞争法的立法目的在于规制市场经营者的经营行为、维护公平竞争的社会经济秩序，故反不正当竞争法主要是规制商品市场流通过程中的授权，而不是规制商品创作过程中的授权。本案中，陈枰和西苑出版社仅具有改编作品的授权，并不具有出版改编作品的授权，也就是说不具有将相关改编后的作品推向文化市场、作为图书商品流通的授权，因此，被告出版同名作品的行为构成不正当竞争。本案在一定程度上反映出当前图书出版市场存在的授权混乱、权利意识淡薄、诚信缺失等现象。通过本案的审理，有利于当事人规范其行为，也对整个图书出版行业的合法规范经营发展提出了指引。知识产权案例并不仅仅存在与版权当中，商标，专利都是知识产权的一部分，想要了解更多知识产权内容，可以与我们取得联系。
5、知识产权侵权案件
辽宁省大连市中级人民法院
民 事 判 决 书
（2013）大民四终字第50号
上诉人（原审被告）大连某某大学，住所地辽宁省大连市甘井子区凌水街道凌海路1号。
法定代表人王祖某，校长。
委托代理人刘接某，男，1971年5月25日生，汉族，该校教师，住辽宁省大连市甘井子区凌水路清恬园14号2-2-1。
委托代理人吴珊某，辽宁斐然律师事务所律师助理。
被上诉人（原审原告）北京某某方舟信息技术股份有限公司，住所地北京市海淀区车公庄西路甲19号华通大厦A座六层。
法定代表人田某，董事长。
委托代理人李某，女，1979年1月11日生，汉族，该公司部门经理，住辽宁省大连市沙河口区锦霞北园18号4-4-1。
委托代理人胡建某，北京市中创律师事务所律师。
上诉人大连某某大学因与被上诉人北京某某方舟信息技术股份有限公司（以下简称某某方舟公司）计算机软件开发合同纠纷一案，不服大连市西岗区人民法院（2011）西民初字第2145号民事判决，向本院提起上诉。本院于2013年5月29日立案受理后依法组成合议庭，公开开庭审理了本案。上诉人大连某某大学的委托代理人刘接某、吴珊某，被上诉人某某方舟公司的委托代理人李某、胡建某到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
某某方舟公司原审诉称，我公司与大连某某大学于2007年10月10日签订《合作协议》，大连某某大学委托我公司完成航道遥测遥控系统应用软件的开发等工作。我公司按约定完成了软件开发并将成果交付给大连某某大学，该软件已于2010年9月20日通过验收。大连某某大学未按约定付款，应承担违约责任。请求判令大连某某大学支付软件开发费用20万元及逾期付款的利息损失（2010年9月20日起计算至付款之日止，按照中国人民银行规定的同类贷款的同期利率计算）。
大连某某大学原审辩称，不同意某某方舟公司的诉讼请求。一、双方签订的《合作协议》的附件技术规格书第5条约定“系统验收时某某方舟公司应提交完整的系统功能软件及其源代码”，但某某方舟公司至今未履行该项合同义务，我校不得已自行组织工作人员完成相关工作，故我校无义务支付剩余款项。二、2010年9月20日的验收是对我校负责的整个项目的验收，而非对某某方舟公司开发软件的验收，通过验收不等于其交付的软件合格。
原审法院经审理查明，2007年9月30日，大连某某大学作为受托方之一与案外人长江南京航道局签订《技术开发（委托）合同》，接受该航道局的委托对长江南京至浏河口段某某航道与智能航运建设示范工程网络设备购置、集成与应用软件开发标段施工。2007年10月10日，大连某某大学作为甲方、某某方舟公司作为乙方，就乙方协助甲方开发上述标段（简称SZHD-04标段）的部分项目一事签订《合作协议》。该协议约定：1、甲方同意与乙方相互协作完成SZHD-04标段合同文件中的以下主要内容：（1）航标遥测遥控系统应用软件的开发；（2）航标遥测遥控系统应用软件的安装、调试；（3）航标遥测遥控标准的编制；（4）对用户进行相关的技术培训。2、甲方的权利和义务：（1）负责整个项目以及与业主、关联单位的协调和管理工作；（2）负责向乙方提供SZHD-04标段合同中与协作项目有关的内容；（3）负责向乙方提供项目开发过程中所需的关联单位的技术资料和测试产品；（4）负责向乙方提供详细、准确的协作项目的技术规格书，并经双方签署；（5）负责向乙方提供项目协作开发费用40万元整，并在甲方验收合格后支付。3、乙方的权利和义务：（1）乙方应严格按照甲方的要求组织人员进行研发协助工作；（2）乙方应统一服从甲方的项目管理和调度；（3）乙方保证协作项目要完全达到SZHD-04标段合同和双方签署的技术规格书的要求；（4）乙方保证在本协议约定的时间内完成协作项目。4、甲、乙方协作完成本协议规定项目内容的时间为SZHD-04标段合同开工后的三个月。5、协作项目的验收标准为SZHD-04标段合同和双方签署的技术规格书。6、违约责任：（1）乙方如未按照本协议的约定完成协作项目，甲方可不予支付本协议所规定的款项……（3）甲方如未按照本协议规定支付协作费用的，乙方有权按实际损失向甲方追索违约金。……10、本协议自甲乙双方代表签字之日起生效。该协议的附件技术规格书第5条“系统开发计划”规定“系统开发周期为2007年10月1日至2008年2月28日。系统采用分阶段验收与竣工验收相结合的方式。……（5）1月10日前，完成系统全部功能。（6）2月10日前，完成系统全部功能的现场测试工作，阶段验收，交付使用。（7）2月20日，系统验收。验收时提交如下材料与文档：a、完整的系统功能软件及其源代码；b、系统开发文档，包括需求分析、概要设计、详细设计、测试计划及测试报告等；c、使用手册（含联机帮助）。（8）2月28日，系统竣工验收。”甲、乙双方代表均在协议上签字。2008年1月10日，某某方舟公司按照约定完成了系统全部功能。2008年1月15日，大连某某大学向某某方舟公司支付项目协作开发费用20万元。大连某某大学以“某某方舟公司未提供系统功能软件的源代码”为由未按照约定于2008年2月28日进行竣工验收，并至今未付剩余20万元开发费用。
2008年12月31日，某某方舟公司的职员王勇给大连某某大学项目负责人王德强发送电子邮件一封，内容为“王老师：您好，这是南京项目的最新源码，请查收……”，该邮件的附件是一个名为“航标业务系统（源码）081230.rar（4.7M）”的压缩包。2010年1月19日，王德强给王勇发送电子邮件一封，内容为“王经理：您好。交通部拟在2月末或3月初进行长江南京某某航道项目的竣工验收，现杨老师已到南京准备验收材料。因贵公司所承担的航标通信模块和业务管理系统的源代码一直没有提交给我方，给我方和贵方的信誉造成了影响。希望贵司能够按照我们双方的协议提交全部源代码，以免影响项目的竣工验收和付款。”次日，王勇给王德强回复邮件一封，内容为“1、关于源码，我们公司在2008年12月31日星期三16:19发到了您在雅虎的邮箱中，当时的原因是交通部验收工作，之后验收成功。2、2009年每次询问关于20万余款回款的问题，您都说验收结束，等待南京的审计工作，对于我们来讲，在该项目上的培训、验收工作已经结束。3、我们目前在坚持做售后服务工作……4、请贵方将项目余款20万元结账，以支持我方在该项目上的售后服务工作，不然我方将无力支持该项目的售后服务工作，届时后果自负。5、关于20万项目余款的结账日期，请给我方一个明确的答复。”2010年2月2日，王德强给王勇发送电子邮件一封，内容为“王经理：您好。南京某某航道项目将于2月28日完成交工验收并运行一周年，交通部拟在三月初举行南京某某航道项目的竣工验收会。特此告知。”在该封邮件中，大连某某大学未再提到源代码一事。诉讼中，大连某某大学不认可某某方舟公司职员王勇于2008年12月31日发送给王德强的“航标业务系统（源码）081230.rar（4.7M）”系双方合同约定的航标遥测遥控系统应用软件的源代码。
另查，2010年9月20日，长江南京至浏河口段某某航道与智能航运示范工程通过了交通运输部的竣工验收。
原审法院认定的上述事实，有《技术开发（委托）合同》、《合作协议》及其附件技术规格书、（2011）京中信内经证字20678号公证书、银行电汇凭证、记账凭证及当事人陈述笔录等证据材料在案为凭。
原审法院认为，当事人应当按照约定全面履行自己的义务，当事人一方履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、赔偿损失等违约责任。当事人一方未支付价款或者报酬的，对方可以要求其支付价款或者报酬，给对方造成损失的，损失赔偿额应当相当于因违约所造成的损失。本案中，双方签订的《合作协议》系双方当事人的真实意思表示，不违反法律及行政法规的强制性规定，该协议合法有效。某某方舟公司已经完成开发任务，大连某某大学理应按照约定履行支付开发费用的义务。双方约定的开发费用为40万元，大连某某大学在支付20万元之后，剩余的开发费用至今未付，已经构成违约，应当按照约定继续履行支付剩余20万元开发费用的义务。大连某某大学逾期付款还给某某方舟公司带来了相应的利息损失，故某某方舟公司要求大连某某大学支付软件开发费用20万元及逾期付款的利息损失（2010年9月20日起计算至付款之日止，按中国人民银行同期同类贷款利率计算）的诉讼请求，原审法院予以支持。大连某某大学提出“某某方舟公司至今未履行合同约定的‘系统验收时某某方舟公司应提交完整的系统功能软件及其源代码’义务，其自行组织工作人员完成相关工作”以及“2010年9月20日的验收是对其负责的整个项目的验收，而非对某某方舟公司开发的软件的验收。验收通过不等于某某方舟公司交付的软件合格”的抗辩意见，因大连某某大学委托某某方舟公司完成的航道遥测遥控系统应用软件的开发属于其负责的整个项目的组成部分，如果该部分未通过验收，整体工程也不可能通过验收。某某方舟公司也已举证证明其向大连某某大学提供了项目的源代码，而大连某某大学并未提供相反证据证明某某方舟公司交付的软件不合格、源代码非合同约定的源代码，也未提供证据证明自行组织工作完成相关工作，故对大连某某大学的上述抗辩意见，原审法院不予支持。
综上，原审法院依据《中华人民共和国合同法》第六十条、第一百零七条、第一百零九条、第一百一十二条、第一百一十三条，《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条、《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第二条之规定，判决如下：“被告大连某某大学于本判决生效之日起十日内支付原告北京某某方舟信息技术股份有限公司软件开发费用20万元及逾期付款的利息损失（自2010年9月20日起计算至被告付款之日止，按照中国人民银行规定的同类贷款的同期利率计算）。如被告未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当按照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百二十九条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。案件受理费7 370元（原告已预交），由被告大连某某大学负担4 300元，由原告北京某某方舟信息技术股份有限公司负担3 070元。”
宣判后，大连某某大学不服原审判决，向本院提起上诉，请求撤销原判，发回重审或改判驳回被上诉人的诉讼请求。理由如下：首先，某某方舟公司的合同义务包括航标遥测遥控系统应用软件的开发、安装、调试、编制和技术培训，其应在2008年2月20日交付完整的系统功能软件及其源代码，其交付的技术成果必须经第三方的功能和技术指标测试并由双方在系统验收单上签字确认。某某方舟公司既没有在合同约定的时间内交付功能软件和源代码等文档，也未通过第三方的功能和技术指标测试。原审法院仅查明某某方舟公司以邮件方式递交源代码的事实，而没有审查某某方舟公司是否履行了其他合同义务，并就此认定其履行了全部合同义务并判令大连某某大学支付款项证据不足，且与事实不符。其次，某某方舟公司交付的源代码并不符合要求。某某方舟公司仅提供电子邮件证明其交付源代码，并未证明附件中的内容是否为合同约定的源代码以及该源代码是否符合技术指标和功能指标，也未证明验收合格，且大连某某大学对其交付的源代码并未认可。最后，对合同是否履行发生争议的，由负有履行义务的当事人承担举证，原审法院认为大连某某大学不认可某某方舟公司提供的源代码系合法源代码但没有提供证据证明属适用法律错误。
某某方舟公司答辩称，原审判决认定事实清楚，适用法律准确，判决正确，应当依法驳回上诉人的上诉请求。具体理由如下：一、大连某某大学称某某方舟公司开发的软件不合要求，采用了他人开发的软件，却未提交任何证据，也与其在电子邮件中的表述相矛盾。二、大连某某大学否认收到了源代码是为其赖掉20万元后期款制造借口，某某方舟公司已经完全履行合同义务。三、原审判决对双方举证责任的分配合法。被上诉人的证据已经足够，无需进一步举证，大连某某大学应当举出足以推翻现有证据的相反证据，否则应承担不利后果。四、原审判决对双方公平合理，可以实现双方签订合同的目的。
本院经审理对原审判决查明的事实予以确认。
二审审理过程中，上诉人向本院提交了如下证据材料：
证据1、技术开发（委托）合同，证明整个项目的金额是1192万元，某某方舟公司负责的部分仅占全部项目的3.3%，整个项目的验收合格不代表某某方舟公司负责的项目合格，而且大连某某大学有能力自行完成案涉软件的开发；
证据2、源程序光盘，系大连某某大学自身完成，证明验收项目并未采用某某方舟公司提供的源程序，整个项目的验收通过并不证明某某方舟公司交付的源程序验收合格；
证据3、（2013）大证民字第41591号公证书，内容为2008年11月25日大连某某大学已经明确要求某某方舟公司提交由其负责的通信和业务系统源代码，2009年2月15日再次要求其提交源代码，证明大连某某大学不认可某某方舟公司提交的源代码；
证据4、司法鉴定意见书，证明某某方舟公司提交的源代码不符合合同要求。
某某方舟公司对上述证据的质证意见如下：不同意对大连某某大学二审开庭后提交的所谓新证据进行质证。一、上述证据与一审查明的事实不符，也与其之前的说法相互矛盾，是伪造的证据；二、这些证据与本案没有关联性，是大连某某大学单方的事情，与双方合同履行与否无关；三、上述证据已超过了举证期限，且不属于法律规定的新证据。
本院对上述证据的认证意见如下：证据1系大连某某大学与长江南京航道局签订的《技术开发（委托）合同》，大连某某大学在一审中已经提交该证据并被原审法院采信，不应在二审中再次提交，故本院对该证据不予重复认定。证据2系本院在二审庭审过程中为查明案件事实要求大连某某大学在指定期限内提交的关于其自行研发案涉软件的相关证据，但由于该证据为电子数据光盘，具有容易修改且无痕迹的特点，无法核实其真实性，某某方舟公司对该证据不予认可，而且该软件成果本身不能证明其研发主体情况，故本院对该证据不予采信。证据3中的邮件已经履行了公证程序，其真实性应予认定，邮件内容系案件双方当事人关于案涉软件交付问题的沟通，与本案具有关联性，故本院予以采信。证据4虽系二审庭审结束后提交，但大连某某大学在一审审理过程中已经提交鉴定申请书，后被本院司法技术处以没有适格鉴定机构为由拒收，由于该司法鉴定意见书系大连某某大学自行委托鉴定机构出具的鉴定结论，在鉴定过程中对于鉴定材料即王德强电子邮箱于2008年12月31日收到的“航标业务系统源码”电子文件的输出电脑未做过清洁度检查，无法认定该检材来源的客观真实性，故本院对该证据亦不予采信。
本院另查明，2008年11月25日，大连某某大学的王德强给某某方舟公司的王勇发送电子邮件一封，内容为“您好。前期发来的（通信和业务系统）源代码不完整，缺工程文件、解决方案文件等，请王经理与今天中午前发给我，以便提交给用户。现在验收材料就差这两部分源代码没有提交，这样势必要影响验收前的软件系统专家测评会的召开，从而影响验收进程。请王经理配合做好源代码的提交。”2009年2月15日，王德强给王勇发送电子邮件一封，内容为“王经理：您好。南京航道局已定在2月26、27日召开某某航道项目的专家评审会和进行工程验收，通知已发。请王经理将航标业务和通信最新完整的源代码于17日前发给我，以供用户（监理）验收。另请王经理安排汪波于25日到南京报道。谢谢。”2009年2月23日，王德强给王勇发送电子邮件一封，内容为“王经理，您好，附件是26日应用软件系统开发质量测评会议程，27日交工验收议程，请王经理收悉。此次验收关系重大，请王经理以大局为重，出现差错你我都承担不起。希望我们都善始善终，尽快安排汪波到现场，把此次验收工作做好。”
本院于2013年7月15日向大连某某大学的项目负责人王德强进行了询问。王德强认可通过验收的航标遥测遥控系统应用软件使用了某某方舟公司开发的界面，且其从未将自行研发案涉软件的相关情况告知某某方舟公司。
本院认为，某某方舟公司与大连某某大学就航标遥测遥控系统应用软件开发事宜签订的《合作协议》是双方当事人的真实意思表示，不违反法律及行政法规的相关规定，双方应按照约定全面履行自己的义务。
本案的争议焦点是某某方舟公司是否已经全面履行了案涉软件开发义务，某某方舟公司对该节事实承担举证责任。根据某某方舟公司提交的双方往来电子邮件公证书的内容，其已于2008年12月31日将最新的“航标业务系统源码”电子文件发送给大连某某大学的项目负责人，直至2010年1月还在坚持做售后服务工作，大连某某大学的项目负责人于2009年9月23日要求某某方舟公司安排人员参加26日的应用软件系统开发质量测评会和次日的交工验收，并于2010年2月2日邀请某某方舟公司的王经理参加南京某某航道项目的竣工验收会，结合2010年9月20日长江南京至浏河口段某某航道与智能航运示范工程通过交通部竣工验收的事实，可以认定某某方舟公司已经交付了航标遥测遥控系统应用软件并通过验收，已经完成了合同项下的主要义务。然而，举证责任分配不是一成不变的，在某某方舟公司已初步完成了己方举证责任的情况下，大连某某大学主张某某方舟公司未能全面履行合同义务，应当提供证据加以证明，否则应承担不利后果。原审法院对举证责任的分配并无不当，上诉人大连某某大学关于原审法院举证责任分配属适用法律错误的抗辩意见，本院不予采纳。
大连某某大学主张某某方舟公司未能全面履行合同义务，主要理由是某某方舟公司既没有在合同约定的时间内交付功能软件和源代码等文档，也未通过第三方的功能和技术指标测试。关于项目交付时间问题，尽管《合作协议》附件《技术规格书》中规定于2008年2月20日进行系统验收，但《合作协议》约定某某方舟完成项目完成时间为SZHD-04标段合同开工后三个月。鉴于案涉航标遥测遥控系统应用软件为长江南京至浏河口段某某航道与智能航运示范工程整体工程的一个子项目，项目完成时间受到整体项目进展程度的约束，某某方舟公司完成软件开发工作需要大连某某大学提供所需的技术资料并服从大连某某大学的项目管理和调度，而且某某方舟公司提交最新源代码的时间是2008年12月31日，其最初提交源代码的时间早于这一时间，大连某某大学在2008年11月25日的邮件中亦予以认可。同时，大连某某大学在与某某方舟公司工作人员的沟通中从未对交付时间问题提出过异议，应当认定其对某某方舟公司履行期限予以认可，根据诚实信用原则，大连某某大学不得再以该理由拒绝支付开发费用。关于验收问题，《合作协议》附件《技术规格书》中规定“由用户指定的第三方对系统软件的功能及技术指标进行测试，测试结果和检查结果符合验收条款要求时，双方在系统验收单上签字确认”，尽管双方当事人没有在系统验收单上签字确认，但大连某某大学的代理人在二审庭审中明确表示只要第三方用户满意就认为验收合格。而且，根据大连某某大学2009年2月15日和2009年2月23日的电子邮件内容，大连某某大学已经通知某某方舟公司派员参加南京航道局组织的整体项目验收。因此，某某方舟公司承担的子项目未经过签字验收的责任并不在于某某方舟公司，而整体项目通过竣工验收可以认定该子项目的验收合格。
大连某某大学抗辩称通过验收的项目系其自行组织人员研发的，但并未提供足够证据予以证明。且从案件事实来看，《合作协议》约定大连某某大学在验收合格后支付40万元开发费用，而大连某某大学于2008年1月15日即某某方舟公司依约完成系统全部功能时已支付20万元开发费用，在某某方舟公司反复催要剩余开发费用时其从未提出过已放弃某某方舟公司开发的软件而由其自行研发，也没有向某某方舟公司提出终止或者解除合同的要求，反而于2009年和2010年仍然向某某方舟公司的工作人员发送电子邮件邀请其参加应用软件系统开发质量测评会及南京某某航道项目的竣工验收会，显然有悖常理。并且，大连某某大学的项目负责人亦认可通过交通部验收的案涉航标遥测遥控系统应用软件使用了某某方舟公司设计的界面。因此，大连某某大学对于其主张的验收项目系其自行研发的抗辩意见举证不能，本院不予采纳。
综上所述，某某方舟公司依约履行了合同项下的义务，大连某某大学未支付剩余费用的行为已构成违约，应当承担支付价款并赔偿损失的法律责任。大连某某大学的上诉理由缺乏事实根据和法律依据，本院不予采纳。原审判决认定事实清楚，适用法律正确。依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第（一）项之规定，判决如下：
驳回上诉，维持原判。
二审案件受理费4 300元（上诉人已预交），由上诉人大连某某大学负担。
本判决为终审判决。